Kada je sredinom 15. veka Kruševac pao pod tursku vlast, crkva Lazarica izgubila je dotadašnju namenu. Turci su njen krov iskoristili kako bi od olova napravili saraj za velikog vezira, a jedno vreme služila im je čak i kao štala. Ipak, nije pala u zaborav. Prvu obnovu crkva Lazarica doživela je u 19. veku kada je grad Kruševac pripojen Kneževini Srbiji. Arhitekta koji je bio zadužen za njen izgled želeo je da sačuva njenu autentičnost i gradio ju je vodeći se njenim izgledom kakav je imala u 15. veku.

Njen autentični izgled narušen je 40-ih godina 19. veka, kada je na presto stupio knez Aleksandar Karađorđević. Svoje gotovo najveće umetničko bogatstvo crkva Lazarica izgubila je onog trenutka kada su njena fasada i freske, orunule pod uticajem godina, potpuno prekrečene. Međutim, esnafska udruženja iz Kruševca iskoristili su svoj umetnički dar i uradila vrlo raskošan ikonostas.

U 19. veku, crkva Lazarica je doživela još jednu obnovu, a to je bilo 1889. godine prilikom obeležavanje 15-ogodišnjice Kosovskog boja. Najznačajnija promena bilo je uklanjanje zapadne kupole na čije mesto je postavljena kula sa satom. Spoljašnji izgled se, međutim, nije menjao sve do 20. veka.

Veoma važna promena u 20. veku, čiji je „krivac“ Pera Popović, tiče se i restauracije unutrašnjeg dela crkve. Naime, uklonjene su freske oslikane u 19. veku čime je otkriven stari živopis iz vremena kada je sagrađena. One je i do dan danas krase i time čine deo duge i bogate istorije.