Glavni objekat manastirskog kompleksa jeste crkva Svetih arhangela Mihaila i Gavrila, građena u raškom stilu, od sige, u čijoj je osnovi jednobrodna bazilika sa polukružnom oltarskom apsidom na istoku i pripratom na zapadu.

Unutrašnjost crkve obiluje freskama poznatih ikonopisaca Dimitrija Posnikovića i Simeona Lazovića, a ambijent upotpunjuju ikone ruskih istaknutih umetnika i portal rađen rukama veštih duborezaca.

Godine 1688. manastir Klisura doživeo je veliku nesreću. Naime, tokom bitke kod Golije, izbio je požar i prvobitni živopis je uništen. Čekao je na obnovu sve do 1952. godine, za šta se pobrinuo akademski slikar Jaroslav Kratina. Zidovi su oplemenjeni brojnim hrišćanskim temama, ali i brojnim ličnostima poput majke Jugovića, Filipa Višnjića, Kosovke devojke i drugih.

Tokom Prvog svetskog rata, Austrijanci su uništili ogroman broj odeždi, knjiga, bogoslužbenih predmeta, starina koje je manastir Klisura posedovao. Međutim, to im nije bilo dovoljno, te su Veljka Tankosića, višegodišnjeg paroha manastira, obesili na Dovarju kod Užica zbog organizovanog otpora protiv okupatora. Tokom Drugog svetskog rata, pred Svetog Luku, Bugari su zapalili manastir Klisura i pobacali brojne vredne predmete od duhovnog i umetničkog značaja.

Od 1961. godine manastir Klisura je ženski manastir.